Триумфальное возвращение команды Star Fox и ее величайшей миссии Star Fox 64 в 3D. На верхнем экране Nintendo 3DS реалистично отображается вся глубина вселенной Star Fox, а 3D-изображение позволяет игроку лучше оценивать расстояния и ориентироваться. Это делает игру более доступной и интуитивно понятной, позволяя игрокам сосредоточиться на игровом процессе.

В Star Fox 64 3D используются оба экрана системы Nintendo 3DS: на верхнем экране отображается игровой процесс в 3D, а на нижнем — персонажи и их диалоги.