Чисто спекуляция.
Независимо от концовки программа Репликантов в любом случае подорвана, все репликанты умирают, а анроидов Деволы и Попполы, что поддерживали цикл Ниера, больше нет - продолжать его историю нет смысла. И хотя соединить души с репликантами без гриммуаров теперь уже невозможно, некоторые оригиналы, и тени, т.е. заражённые, всё равно находят себе контейнеры (Kaine) или защитников. Тут мне сразу вспоминается робот на фабрике. Вполне возможно что по этому пути последовали и другие. Вот так и могли образоваться поселения роботов-типа-человеков.
Обещали, что события второй части последуют за концовкой D в Ниере, где репликант стирает себя из истории, словно его никогда не было. При таком раскладе, получается, что и андроиды-саппорты, потеряв и забыв ключевую фигуру предыдущего плана, взялись за разработку нового и могли в итоге решить запустить хранилище душ на орбиту. И, возможно, при этом или позднее, после или в ходе войны с инопланетянами, получили технологию и заслали наблюдателей в прошлое для поиска решения (Аккорд).
Из оригинально Ниера обещали точно Эмиля. Он всё равно бессмертный. А уж если появится Аккорд, то вместе с ней будет и вся мешанина из параллельных миров с разными концовками. Может быть и Kaine тоже выжила, например превратилась окончательно в монстра.