Действия Aquanaut's Holiday проходят на Атолле Кисира в Полинезии. Вам предстоит расследовать таинственное исчезновение вашего друга с океанографической научной станции «База Кисира». Вам предстоит исследовать подводный мир, искать и заносить каталог различных представителей подводной фауны, за что вы будите получать деньги на которые можно покупать различно оборудование. В ваших поисках вам будут помогать два ученых, молодая и мечтательная Джессика Портер и консервативный руководитель исследований Роберт Кемелмэн.