Старый добрый Соник возвращается обратно, в двумерную плоскость и при этом выглядит потрясающе. Игра повествует о событиях произошедших после серии Sonic & Knuckles, вышедшей в далёком 1994. Взорвав Яйцо Смерти и вернув остров Ангелов обратно в облака, Соник решает отдохнуть от своих друзей Тейлса и Наклса, и отправиться на поиски новых территорий в одиночистве. Однако Доктор Роботникс, чудом выживший после взрыва, возвращается за Соником, злой и усовершенствованный...