После событий первой части игры проходит три года, преступная организация Zeed реформирована и имеет новое название «Neo Zeed». Neo Zeed решается на месть клану Oboro Ninja и главному герою игры Джо Мусаши, убив его учителя и похитив Наоко - невесту Джо. Мусаши прибыв к своему клану слишком поздно, узнаёт о заговоре Neo Zeed от своего умирающего учителя. Джо Решает путешествовать по миру, что бы отомстить Neo Zeed, и попытаться спасти свою невесту пока ещё не поздно.