В центре внимания игры Thomas Was Alone - оранжевый прямоугольник Томас, который умеет прыгать. Этого навыка ему хватает, чтобы преодолеть несколько вводных уровней, а вот дальше начинаются проблемы: из-за маленьких размеров Томас неспособен взбираться на высокие уступы, да и некоторые важные задачки одному ему никак не осилить. К счастью, новые друзья Томаса - другие одушевленные фигуры параллелепипедной формы - не против отправиться в путешествие по странному геометрическому миру вместе с ним. Все обладают разными способностями, поэтому приходится постоянно переключаться между героями: кто-то очень высоко прыгает, кто-то - способен пройти даже в самый узкий тоннель, а прямоугольник без выдающихся талантов может сослужить ступенькой для живой лестницы.