Город Ширами Цугава. Город, в котором нет ничего особенного, кроме того, что он является школьным городом.

Сё жил спокойной жизнью обычного ученика, но после того, как священное сокровище храма Белой Змеи Девяносто девять было повреждено, в повседневной жизни Сё произойдут изменения: у мальчиков и девочек проснутся разные способности.

Живя в городе без каких-либо особенностей, я должен был быть обычным учеником...

В серии "Девять-девять" за каждой главой закреплена героиня, и история разных героинь разворачивается в одном и том же мире и на одной и той же сцене.