Игра Atelier Ryza: Ever Darkness & The Secret Hideout положит начало совершенно новой сюжетной линии, независимой от всех предшествующих ей игр. Быть может, это начало новой трилогии, например, Darkness? Время покажет! Главная героиня игры — девчонка-сорванец Риза, мечтающая вырваться из деревенской жизненной рутины, вместе с компанией своих друзей. Однажды они, исследуя запретный остров в поисках приключений, они встречают старого колдуна, который навеки изменяет их жизни. Именно он начинает обучать любопытную Ризу премудростям алхимии, а затем отправляет в паломничество, которое постепенно превратится в квест по спасению родной деревни девушки от невиданной подземной тьмы.