С тех пор как завершились драматические события оригинальной игры BioShock, прошло десять лет. На побережье Атлантического океана происходит череда таинственных исчезновений маленьких девочек. Следы зловещего похитителя ведут не иначе как в подводный город Восторг. Время изменило это место: защитный купол подточила вода, некоторые районы полностью затоплены, здания обветшали. В отчаянной борьбе за право на жизнь уцелели лишь самые сильные, жестокие и коварные мутанты.

Дополнение Minerva's Den – отдельный сюжет из мира BioShock 2, демонстрирующий подводный город с доселе неизвестной стороны.
Дополнение Protector Trials – предыстория событий BioShock 2.