В кои-то веки у Черепашек-Ниндзя выдалась отпускная неделька, и провести её они решили в городке Ки-Уэст, в солнечной Флориде. Но не на песчаных пляжах с досками для сёрфинга и красотками в купальниках, а дома за телевизором и с коробками пиццы. Весёлые мутанты развалились, чтобы посмотреть вечерние новости со своей любимой ведущей Эйприл О’Нил, как вдруг на экране вместо неё появился заклятый враг героев из клана Фут — Шреддер. Вместе с Крэнгом они вновь отчебучили — захватили остров Манхэттен, подняли его в воздух и вознамерились отправить в космос.

Естественно, при таких обстоятельствах ни о каком отпуске и речи быть не может, не говоря уже про пляжи и красоток. А вот для пиццы время найдётся всегда! К тому же, прелестная героиня детских фантазий, соперничавшая с Гаечкой на равных, Эйприл, оказалась в заложниках у злодеев. Герои срываются и отправляются на Манхэттен, с целью помешать планам Крэнга со Шреддером, спасти остров и вернуть его на место.


Свой путь не жалкие букашки прокладывают с умом, начиная его на пляже — всё-таки грех не воспользоваться лишней возможностью погреть лапки на горячем песочке. Двигаясь по локации слева направо, персонажи под управлением игрока дерутся своим визитным оружием, разбрасывая обычных солдат клана Фут и боссов, вроде Бибопа и Рокстеди, проводят простенькие комбинации приёмов и стремятся к своей цели.

В Teenage Mutant Ninja Turtles III: The Manhattan Project сохранился геймплей предшественницы и возможность кооперативного прохождения, но представлены полностью новые уровни, в числе которых даже поездка на досках для сёрфинга. «Бери от отпуска всё» — вскричал Микеланджело, главный весельчак и тусовщик (party dude в оригинальной песне). Всего в игре около восьми уровней, среди которых, помимо пляжа и сёрфинга, есть Технодром и космический корабль Крэнга. Из интересных персонажей в игре появляются Токка и Рейзер, гости из фильма «Черепашки-ниндзя II: Тайна изумрудного зелья».


В дни своего релиза проект получил высокие оценки, а также отхватил несколько престижных наград, в числе которых «Лучшая игра 1992 года для консоли NES». Примечательной особенностью проекта была хитрая система защиты от копирования — если товарные знаки компании Konami убирали из игры, она запускалась на невероятной сложности, а Шреддер в конце уровня «Технодром» и вовсе обретает бессмертие. Вот это креативно раньше защищали игры, без этих всяких «денуво».