по ходу игры вам представится уйма возможностей заработать изьян в обмен перк (больше 3 однозначно), так что выберайте согласно сетингу вашего героя. Непропустите

Ни в коем случае не выбирайте боязнь роботов, собак и жуков, это сильно усложнит игру. Точно можно взять боязнь высоты, и две по выбору. Можно так же взять две, а после получения достижения с третьей загрузить ближайший сейв

Не зависит количество предлагаемых изъянов от сложности, не вводите в заблуждение.
Надо просто чаще влипать в неприятности, на средней сложности уже в Стеллар-Бэй мне раз 5 игра предлагала выбрать изъян.
Навскидку, что запомнил - если часто падать с высоты, теряя здоровье, получать урон в ближнем бою от животных - можно получить соответствующие фобии. Можно наркоманию получить, если часто пользоваться ингалятором, и т.п.

Количество изъянов зависит от уровня сложности.
На нормальном возможно получить только два изьяна, на высоком - четыре, на сверхновой - шесть. Так что если вы играете на нормальном уровне сложности, то можете в любой момент изменить его через настройки на высокий и добить трофей.