Сюжет игры начинается спустя три года после событий игры Atelier Ryza: Ever Darkness & the Secret Hideout и повествует о том, как Райза воссоединяется со своими друзьями, которым предстоят новые испытания и лишения на пути к воистину бесценному сокровищу.

Три года минуло с тех пор, как Райза тайком отправилась в великое путешествие по острову Куркен. Она единственная из всей группы осталась на острове и получила от друга письмо. В нем сообщалось о неких руинах, которые могли быть связаны с деятельностью алхимиков. Кроме того, Райза по непонятной причине просили отыскать мерцающий камень. Это вынудило ее покинуть остров и вернуться в столицу Ашра-ам Бэрда. Райза еще не подозревала, что это станет началом невероятного приключения, во время которого ей придется разгадать тайны развалин, окружающих столицу, а также повстречать удивительное создание, которое изменит всю ее жизнь.

Ключевые особенности:

• Исследование с новыми действиями! Райза многому научилась и теперь умеет плавать под водой, взбираться на стены по плющу, протискиваться через узкие проходы и использовать волшебные веревки, чтобы перемещаться между разделенными местами. Благодаря этим и другим навыкам, Райза сможет куда более тщательно и активно исследовать разнообразные места и руины.
• Более насыщенные бои в реальном времени! Побеждайте врагов, используя улучшенную боевую систему тактических приемов в реальном времени, сделавшую сражения еще более быстрыми и увлекательными. Активно переключайтесь между персонажами, выбирайте навыки и предметы, чтобы добиться наилучшего результата.
• Простой и понятный синтез! Используйте несколько новых систем синтеза, включая новую и интуитивно понятную систему Linkage Synthesis, где все предметы размещены в ячейках Material Loops. Это позволит новичкам быстро разобраться с основами синтеза, а опытным игрокам — создавать уникальные предметы «под себя». Созданные предметы можно объединять с помощью Evolution Link, чтобы создавать совершенно новые вещи.