Пилот повстанцев по имени Синра сражается с врагом на особом истребителе Ikaruga, который может переключаться между двумя источниками энергии (черный и белый) при нажатии кнопки. Пули того же цвета, что и корабль Синры, поглощаются, а пули противоположного цвета наносят урон. Эта механика переключения цветов является основной особенностью игры и краеугольным камнем для дизайна уровней и врагов. Теперь все в руках Синры, только он может помочь силам повстанцев свергнуть режим Хораи!