Братья возвращаются ради совершенно нового приключения в открытом море! Когда Единое Дерево было уничтожено и мир Конкордии раскололся, Марио и Луиджи попытаются восстановить раздробленный мир, по одному острову за раз. Но учтите, что когда братья работают вместе, никогда не знаешь, что обнаружишь!