Наш герой давно переехал в город, но однажды летом он решает вернуться в родной маленький городок, где встречает подругу детства по имени Ион... которая стала русалкой!

Вскоре он знакомится с потерявшей память русалкой Петакко и жрицей Рин, которая присматривает за русалками и скрывает раздвоение личности. Все эти встречи постепенно приводят героя к древней легенде о происхождении русалок.

Странные летние каникулы только начинаются, и вместе с новыми знакомыми ему предстоит разгадать эту тайну, в центре которой оказалась Ион...

My Girlfriend is a Mermaid!? — это позитивная и добрая визуальная новелла со множеством сюжетных развилок и концовок, облечённых в очаровательную анимацию Live2D.