Civil War: Secret Missions посвящена гражданской войне в США (1861-1865 гг.). Игрок будет участвовать в составе небольших групп, осуществляющих миссии в тылу врага: расстройство снабжения, подрыв складов продовольствия и боеприпасов, взрывы мостов и железных дорог. Конечно, будут и жаркие перестрелки с пушками, ружьями и пулемётами. Будут присутствовать даже морские сражения. Можно выбрать сторону «Конфедератов» или «Союза».