Way Of The Samurai 3 продолжение легендарной серии игр про самурая, действие игры происходит во времена феодальной Японии, в эпоху междоусобной борьбы царств. Игроку в роли странствующего ронина приходит в маленькую провинцию Гишу Амана, в которой правит клан Фуйимори. Этому клану противостоит группа Оука, который управляет бывший самурай клана Сакураи предыдущих правителей этой правителей.

Как и в предыдущих играх серии в Way of the Samurai 3 вас ждёт нелинейный сюжет с несколькими концовками, которые зависят от выбора игрока.