Большинство флагов можно найти по картам, которые начнут продаваться в магазинах после того как вы соберете 25 штук самостоятельно и отстроите достаточное количество мастерских. Оставшиеся флаги спрятаны в подземельях - нужно будет переигрывать воспоминания, в которых вы были, и пользоваться подсказками, чтобы найти те, которые пропустили.
Видеоподсказка.
Текстовый гайд на английском.

Все флаги, находящиеся в Риме и на его окраинах можно захватить просто ориентируясь на купленные карты, показывающие их местонахождение. Все карты можно будет приобрести где-то к 7-8 последовательности, а там уже потратить время, чтобы оббегать карту и добрать флаги, что Вы не взяли еще. Остальные будут находится на заданиях, связанных с ключами Ромула. В меню, в разделе ДНК можно будет запустить их в любой момент (всего их 6).

В тайниках ромула изначально ищите флаги. То есть забейте на 100% синхронизацию, для платины она не так важна, легче 9 последовательность пройти.

Кажется начиная с наступления 7 последовательности ДНК в магазинах торговцев картинами будут продоваться карты флагов (в каждом районе карта района).