По поводу убийства командиров башен. С теми, кто нападает на вас понятно, а вот те, которые норовят сбежать - доставляют трудности. Можно совершить убийство в два захода, что бы не гонятся за командиром. В первый заход надо вырезать всех солдат в гарнизоне и посмотреть - куда будет убегать командир. Если не уходить из вражеской зоны и подождать, когда охрана сменится, то новых солдат в гарнизон не поступит и можно спокойно пристрелить командира или подловить его возле двери, куда он попытается спрятаться.

Вроде бы все понятно, но все-таки напомню. В каждом районе Рима есть по башне, которая контролирует данный район и не дает вам покупать здания и нанимать ассасинов. Сожгите их все и вы получите трофей. Первую башню сожжете по сюжету.

Некоторые капитаны убегают в случае опасности, поэтому планируйте свои действия заранее и не рассчитывайте на арбалет - он не всегда помогает. Лучше выходить с ассасинами-рекрутами, которые вам помогут, но приглядывайте за ними, т.к. их могут убить.
Можете открыть карту и нажать - вот и все башни.

Трофей станет возможно получить в начале 7 последовательности ДНК, так как откроется территория с последней башней.