Достаточно просто доплыть и погрузиться, все собирать не обязательно.
Однако в каждом месте погружения (кроме нескольких) есть ящик, в котором лежит чертеж для улучшения Галки.

Если вам как и мне лень прятаться от акул просто игнорьте их и плывите напролом, все-равно если открыть сундук или взять фрагмент прогресс сохраняется. Только если сдохните, придется заново плыть от колокола, что недолго т.к. локации маленькие.