Почаще заглядывайте на крыши - там их искать проще всего. Залезая на точки обзора, осмотрите город с высоты орлиным зрением - отметятся близлежащие фрагменты.
После собранных 50 фрагментов автоматически получите карту с остальными.

Вот отличный видеогайд по сбору всех фрагментов, но как сказано в подсказке выше достаточно собрать 50 фрагментов и остальные появятся на карте.
Часть 1. С 1 по 11.
Часть 2. С 12 по 32.
Часть 3. С 33 по 55.
Часть 4. С 56 по 77.
Часть 5. С 78 по 88.
Часть 6. С 89 по 100.

В самом Константинополе 88 фрагментов и когда по сюжету отправитесь в Каппадокию, там соберёте оставшиеся 12.

Возникла проблема с этим трофеем. Собрал 96 данных Анимуса а остальные исчезли с карты.
После чего я случайно купил одно здание. И у меня появилось еще 2 данных на карте, когда я их собрал то появились оставшиеся два.

Во время прыжка веры с точек обзора нажимайте и ближайшие фрагменты анимуса отмечаются на карте.

При приближении к куску появляется шёпот - чем ближе, тем сильнее.