Возможна неточность в описании. 100% синхронизация требуется только для сюжетных заданий.

Проблемы лично у меня возникли в миссии когда играешь за Альтаира(ему 24 года), там еще надо крестоносца убить. В общем надо просто бегать по всему Масиафу и мочить солдат, самое важное - надо спасти мирных жителей (они на мини карте обозначены черным пустым кружочком). На большой карте они никак не обозначены. Там только красные кружочки, а это просто сборище стражей. В общем, побегайте по городу и помочите всех, рано или поздно вам должны написать, что дополнительное задание выполнено.
И еще один момент был, когда требуется раздобыть янычарскую форму и для этого нужно найти одинокого янычара, убить его и спрятать тело в стоге сена. 100% синхронизация будет если вы убьете его из стога сена. Мне пришлось попариться, честно скажу. На бомбы приманки он не реагирует, а просто стоит и базарит с горожанами. Я сделал так: сначала конечно надо постараться убить ближайших стражников, затем, подходите к нему, отклоняете левый стикер вперед и нажимаете . Эцио немного дернется и толкнет его. Янычар, конечно, возмутится. Вы начинайте идти в сторону стога. Затем, когда янычар выругается, повторите действие. Вы уже должны подойти к стогу, запрыгивайте и бейте его. Не высовывайтесь больше.

Если эта та миссия где надо украсть одежду янычара, то все проще чем вы думаете - там есть скамейка - приманка около скамейки и сядте на скамейку, затем уже сами понимаете - убийство.

Если возникают вопросы по 100% прохождению советуют вот это прохождение - там все расписано с учетом 100%, плюс к каждому эпизоду есть видео:
Часть 1.
Часть 2.

Задание в котором нужно найти и убить одинокого янычара, выполняется достаточно просто:

1. Вам необходимо зачистить территорию возле храма от посторонних стражников.
Если у вас "прокачаны" цыганки (т.е. самостоятельно отправляют на тот свет стражников (яд), когда вы воспользовались их услугами), то делается это очень быстро. Возле храма две группы цыганок, третья неподалёку.
Нет такой функции? Режем стражу сами - главное не поднять тревогу.
2. Необходимо заставить янычара двигаться.
Нет, к вам он не подойдёт, так просто (к стогу сена, в котором вы уже сидите, да?)
Делается элементарно: шумовая граната.
После взрыва, янычар неспешно начнёт нарезать круги вокруг храма, против часовой стрелки. А к вам, опять не подойдёт.
3. Последнее и главное.
В вашем арсенале должна быть мина заполненная овечьей кровью, на растяжках. Как минимум - две.
Первую устанавливаете на пути следования янычара, вторую возле стога сена, в котором вы отдыхаете. Теперь он к вам точно придёт.

Видеогайд.
Дополнительно. Если для 100% синхронизации требуется пройти уровень незамеченным, то запаситесь метательными ножами, а также обыскивайте трупы убитых врагов у них вы всегда сможете найти парочку метательных ножей.

Или ещё проще - именно этот янычар собирает монеты если их кинуть. Таким образом можно его выманить куда угодно.

Миссия где надо убить из стога сена янычара может быть глючной.
Как я прошел ее: Когда янычар начинает толкать гражданина и у забора и орать, то подходим к нему со спины и толкаем, у меня в этот момент он просто залип у забора и ни куда не ходил, если у вас произойдет то же самое, то дальше тупо толкаем до стога сена, потом сами запрыгиваем в сено и убиваем, 100% синхронизации обеспечено.
P.S. Охрану убивать не надо, она вам ни чего не сделает.

Мины-приманки лежат у стенки рядом с янычаром, в сундучке.

Хотелось бы ко всему вышесказанному добавить, что этот трофей желательно выполнять сразу (во время первого прохождения игры), а не в режиме ДНК. Так как в первом прохождении во время роликов, можно нажать кнопку Start и выбрать "Пропустить ролик". Во время прохождения в режиме ДНК, опция "Пропустить ролик" заменяется на опцию "Выйти из режима повтора". А переигрывать порой некоторые миссии приходится по 5-7 раз, постоянно пересматривая одни и те же ролики без возможности пропуска.

На мой взгляд самым простым способом скрытного убийства янычара будет подманиваете его к стогу сена разбрасывая монетки (выбор кошелька по и нажатием ) аккуратно его подводим к стогу сена, запрыгиваем туда и пока янычар подбирает с земли монетки (алчный пройдоха оказался) выцепляем его из толпы по и режем.

Столкнулся с проблемой прохождения 7 главы миссии 4. Там нужно поджечь порох и при этом не получить урона, на пути к пороху будет 18 стражников. Прошёл наверно с попытки 20, т.к. бежал на раш. Итак если у вас появилась такая же проблема, то советую прислушаться к моему совету.
Первую партию стражников убиваем из-за угла с гранаты (британский порох+корпус с запалом+шрапнель), далее подходим ОСТОРОЖНО к лестнице, не бежим, выманиваем 2-ух стражников (тактика боя +, если угрозы не видно, то отводим стик в сторону врага и нажимаем , ассассин убьет его с 1 удара. Убиваем их, далее с помощью такой же тактики доходим до угла, там будет много солдат, здесь опять же выманиваем осторожно двоих, убиваем. Потом на вас дернется еще 4, отбегаем обратно по лестнице параллельно кидая ножи во врагов. Останется два стражника в углу справа, в них кидаем бомбу.

Можно проще пройти миссию не получив урона в 7-й главе, нужно собрать бомбу на растяжке с британским порохом и дурманом (яд), натыкать их и выманивать стражу, так безопаснее и не придется сталкиваться в ближнем бою, прошел так с первого раза.