Речь идет не про убежища. Вам нужно полностью открыть всю карту мест, где можно позависать с друзьями или просто съездить куда-то (типа рыбалки или книжного района). Большая часть территорий откроется по сюжету. Часть надо открывать, когда вам предлагают встретиться на следующий день и прогуляться куда-либо. Соглашайтесь, это полезно так же и для развития соцлинка.
И парочка мест открывается благодаря журналам, которые продаются в книжных магазинах. Надо прочитать журнал - и вам будет доступна новая территория. Если все читать вовремя и соглашаться на встречи - трофей выпадет в Дестини-ленде по сюжету. Если не выпал - вы что-то проворонили.
Так же попадаются журналы, рассказывающие про различные места. Прочитать их надо для сюжета, но тратить на них время не обязательно. Просто не читайте эти журналы до того момента, пока не звякнет этот трофей. А потом читайте их все за один присест - времени на чтение они отнимать уже не будут, а к трофею зачтутся.

Не совсем точно. Последнее убежище открывающиеся по сюжету это nagatcho. Зона откроется при похождений арки с Шидо