Учитываются только те книги, которые повышают навык. Количество прочитанных можно посмотреть в меню статистики.

Список книг и их местонахождение.

https://elderscrolls.wikia.com/wiki/Skill_Book_(Skyrim)

При первом взгляде на книгу можно сразу определить повышает ли она навык, т.е. не нужно открывать все книги чтобы проверить учат ли они чему-нибудь:

Книги с заклинаниями имеют эмблему и специфическое название, так что здесь не спутаетесь.

А остальные книги четко разнятся по стоимости: обычные книги где-то до 20 монет, обучающие книги от 50-70 монет.

В учёт идут только те книги, которые повысили навык после прочтения. Если навык уже находится где-то в районе 70-80, то книга не повысит его и не пойдёт в зачёт этого трофея.

Книги засчитываются и после полной прокачки перса

В башне DarkLight Tower, что к юго-западу от Rift, там еще квест получите от женщины с просьбой помочь зачистить эту башню, лежат 4 книги навыков.

Книги навыков отличаются от других более высокой ценой, поэтому вместо того, чтобы читать все книги подряд смотрим и выбираем те, которые стоят 50 и дороже

К каждому навыку есть 5 книг, позволяющих его повысить и каждая существует в мире Скайрима в нескольких экземплярах. Внимательно смотря по сторонам локаций во время выполнения квестов можно найти насколько десятков (их стоимость начинается от 50 септимов), также такую книгу можно получить в награду за какой-либо сторонний квест.
Полный перечень книг и их местоположение (русская версия):
https://ru.elderscrolls.wikia.com/wi...ки_(Skyrim)

Во время путешествий по Скайриму обращайте внимание на стоимость книг. Все учебники в 99, 9% стоят больше 50 золотых! Это съэкономит вам кучу времени и не придется открывать каждую книгу.