Чтобы прокачивать оружие, нужно собирать запчасти. Отображаются, как гайки, и находятся в различных железных ящиках. А после получения некоторых способностей - так и в трупах людей и животных. Прокачка возможно только около костра, где Лара отдыхает. К тому же, не вся сразу модернизация оружия доступна. Отслеживайте прокаченность оружия по процентам. Прокачайте на 100 % один из четырёх видов оружия.
P.S. За прокачку ледоруба трофей не даётся.