События World End Syndrome развиваются в небольшом портовом городке Михате-тё, куда переводится наш главный герой, с виду обычный японский старшеклассник. Он счастлив приехать в столь красивый городок, поскольку его прошлое место жительства оставляло желать лучшего, равно как и годы, проведённые в прошлой школе. Однако, здоровый жизненный скептицизм никуда не испарился, при виде городских и природных красот Михате-тё, ведь наш герой знает: у каждой розы есть шип. Поэтому он начинает задумываться, какие же «шипы» уготовили ему новый город, новая школа, новые знакомые…

Ведь с виду всё уж слишком идеально: город спокоен и красив, одноклассники добры и отзывчивы, а несколько местных красавиц даже положили глаз на новенького ученика. Но его опасения были не напрасны! В лучших традициях японских ужастиков и городских легенд, Михате-тё постепенно открывает перед героем своё настоящее обличье — исчезновения людей и убийства, что происходят каждые сто лет.