Не обязательно его убивать, что бы получить трофей, особенно, если играете на высоких сложностях. Достаточно завершить конкретное нападение на легион. Например вы захватываете вышку и просто уничтожаете спутниковую антену на ней, когда капитан уже появился. При уничтожении вышки все враги в зоне пропадают и вам засчитывают этот троф.

Суть трофея в следующем.
В игре присутствует аналог "звезд" по типу ГТА. Так вот - берете контракт на угон машины, садитесь в нее (что бы быстрее поднять уровень розыска), вылезаете, и начинаете убивать врагов. Когда ваш уровень розыска станет максимальным, появится Капитан - как только убьете его, трофей сразу же выскочит.
Советую делать на сложности 1 после прохождения основной компании.