Обезвредить не убив можно тремя способами - арестовать, треснутьэлектрошокером, когда бандиты не находятся в стадии агрессии тупоударить их по лицу. Кулаком.

Если Вы пропустили какого-то бандита и начали эпизод заново ради данной персоны. То после ареста, необходимо ещё какое-то время побегать, обычно до следующего чек поинта(пока не появятся наручники на нём).