Чтобы начать расследование, в главе "Встреча с Камски" не убивайте Хлою!
Пара способов нахождения Иерихона. В главе "Вне закона" надо поймать Саймона (тут теряется возможность получения трофея УЦЕЛЕВШИЕ) или андроида девианта, которого вы допрашиваете на кухне, а затем ловите (оптимальный вариант).
Пароль в хранилище улик "СРАНЫЙПАРОЛЬ". Активируйте Саймона/девианта справа, заменив деталь взятую у Даниэля (висит слева). Затем, на полочке возьмите планшет с видеообращением Маркуса, скопируйте голос и обхитрите девианта.
Если же вы убили двух Трейси, можно активировать синеволосую, затем обезглавить каштановую и также обхитрить.

Если вы нашли девианта Ортиса, осмотрели статуэтку в душе, а процессе допроса получили признание и отправили андроида в камеру, а потом поговорили с ним перед его самоуничтожением в камере то действия такие:
-Посмотреть запись последних слов девианта в камере
-Разбить статуэтку
-Просканировать память
Если вы убили девианта оператора из телебашни и посмоторели послание Маркуса то:
-Оживить андроида, заменив деталь
-Посмотреть запись послания и получить образец голоса
-Получить информацию от девианта голосом Маркуса
Если в миссии «гнездо» вы нашли дневник и поймали поймали Руперта, а не помогли Хэнку то действия такие:
-Осматриваем зашифрованный дневник
-Исследуем тела андроидов
-Пересаживаем Руперту недостающий орган
-Получаем у него дешифровальный ключ
-Вновь осматриваем дневник
Если в миссии «клуб Рай» вы убили двух Трейси, то действия такие:
-Осматривем Трейси с синими волосами
-Осматривем вторую и берем у нее запчасти для оживления первой
-Разговаем с первой, она откажется нам помочь
-Снова идем ко второй и отстегиваем у нее голову
-Возвращаемся к синеволосой и показываем ей голову

Смерть Хлои не влияет на возможность проведения расследования. Если Коннор останется машиной, а отношения с Хэнком будут плохими, он откажется помочь Коннору после передачи дел об андроидах ФБР (если Маркус выберет революцию). Коннор сможет сам проникнуть в архив, если отвлечёт агента.

Можете убить Хлою, но ни в коем случае нельзя спрашивать про местонахождение Иерихона иначе в главе "последний шанс, Коннор" он не отправится в архив и трофей вы не получите