Необходимо пройти всю игру, никого не убив. Для нейтрализации врагов можно использовать только: транквилизаторную винтовку, парализующий пистолет, газовую гранату, вырубание в ближнем бою, а также некоторые аугментации (лично я использовал только "Тесла").
Практически всю игру можно пройти никого не вырубая. Если кого-то случайно убьете, то загружайте последнее сохранение.

Обратите внимание на следующее:
-Если вступили в бой, следите, чтобы противник не кинул в вас гранату и не задел своего же союзника. Смерть противника засчитают вам и трофей не выпадет;
-Выстрел по взрывным ловушкам (пробежали/бросили по ней что-нибудь) может убить ближайших противников. Убедитесь, что взрыв никого не задел;
-Даже если вы вырубили противника нелетальным способом, убедитесь, что у них высвечивается "ZZZ", а не красный череп;
-Аккуратней с телами. Вырубленного противника всё ещё можно убить (сбросить с высоты, задеть взрывом);
-Есть несколько сюжетных смертей. Их не предотвратить. Здесь вы не при чем, на трофей они не влияют;
-Использование специального устройства для нейтрализации Марченко, связанный с трофеем "Laputan Machine/Механизм из Лапуты", убьет его. Если нужен этот трофей, то сохранитесь перед боем, чтобы откатить потом.
Лично попал в такую ситуацию. В бою с Марченко есть роботы: парочка летает, парочка двуногих. Когда я вырубил Марченко, рядом с ним был двуногий, который через пару секунд сам взорвался. Вместо "ZZZ" высветился красный череп. Пришлось переигрывать бой.
Бой несложный. Достаточно использовать одну ЭМ-мину/гранату (главное, чтобы он не заметил), подойти к нему и нажать .
Рекомендуемые аугментации (качайте в этом порядке): Маскировка, Сверхзрение, Взлом: захват, Взлом: скрытность, Киберпротез ноги, Система приземления Икар, Киберпротез руки (Пробивание стены, Оптимизированная мускулатура), Конвертер энергии «Шариф 8». Это, конечно же, все пожеланию.

Если вы сдали нелегальных копов, полицейской и она их пристрелила, их смерти в счёт не идут.

В квесте "Культ личности" в конце если повернуть диалог так, что все закончится самоубийством, достижение все равно выпадет.

Заметил вот что.
В миссии по остановке производства неона использовал генераторы в лаборатории в канализации, чтобы вывести из строя током охранников. Когда обыскивал, заметил, что над ними красные черепа, мол, они мертвые.
Но трофей в конце игры все равно получил.

Поджаривать врагов током в лужах, используя генераторы, можно: сам за прохождение поджарил копа в Голем-сити включив рубильник возле лужи (у копа еще ключ-карта к лифту выпадает) и пару охранников позже, трофей выпал.

На сколько я понял, "подставные" убийства не влияют на трофей. Убийства током и турелями не считаются. Но я бы лучше воздержался от всяких убийств вовсе.

В принципе - вырубать врагов - имеет большое преимущество над "убийством".
-Вырубание гораздо тише убийства
-Вырубленные враги не встают спустя какое-то время (В отличии от МГС5, где это очень важно, т.к. такой враг потом мог поднять хайп на всей базе)

Единственный смысл "Убивать" врагов - посмотреть на крутейшие новенькие анимации Дженсена. Ну, или из моральных соображений - убивать людей Марковича..а копов не убивать, к примеру, что я в принципе и делал, при первом прохождении. Типо отыгрывать роль справедливого Дженсена. Копы не виноваты, а те всё-таки враги, устроившие терракт, они заслужили смерть, не ?

Хочу добавить, Парни не знаю как у вас но, я убивая людей турелям через терминал. Трофей выпал.

последнему боссу можно издалека настрелять в башку из транквилизатора без обнаружения

Подтверждаю, что для выпадения трофея надо, чтобы Вы собственноручно никого не убили. Ещё надо быть осторожным с бросанием усыплённых противников. Враги, погибшие от дружественного огня не препятствуют получению трофея. Кроме того, один-два раза взломанная турель ликвидировала противников. На роботах и БПЛА не проверял.