Проходить все побочные миссии не обязательно. Но если взяли такую, например у техника на корабле - починить электричество, её нужно выполнить или не брать вовсе. Проще говоря, если в меню заданий есть подсвеченные пункты, их нужно завершить, иначе трофей за прохождение главы не получите.
Некоторые доп. цели даются в начале глав или по ходу игры, будьте внимательны.