Трофей можно пропустить, перед тем как начинать дополнение обратите на это внимание и сделайте сохранение на данном квесте. Подробности квеста по ссылочке

Если вы хотите помирить детей атома и Фар Харбор, выполнив квест "Реформация", то будет достаточно, чтобы квест "очищение земли" просто АКТИВИРОВАЛСЯ, то есть нужно просто войти в здание отеля, где лежат коды для активации ракеты в ядре. Когда вы завершите "Реформацию", то "Очищение земли" не будет провален, а завершится вместе с ним и вы получите трофей. Главное не завершать реформацию (начать квест можно) до получения очищения земли. Проверено лично.

Если брать вариант с пунктами выше, то получится примерно следующее (как делал я):

1 - Проходим симуляции
2 - Идём на завод Вим
3 - Идем к ДиМА, решаем помирить детей атома и жителей Фар-Харбора
4 - Заходим в отель по квесту "Какой должна быть жизнь", получаем квест "Очищение земли", выходим.
5. Выполняем квест "Реформация"
6. На последней стадии квеста возвращаемся к Димасу, докладываем об успехе, завершается сразу три квеста - "Реформация", "Какой должна быть жизнь" и "Очищение земли". Трофей получен, все довольны, японка с именем японки из Масс Эффект 2 бежит к отцу с именем парня японки из Масс эффект 2 (вот же совпало-то)

Для получения всех достижений из дополнения без загрузок выполняйте миссии в следующем порядке:
1 - проходим все симуляции
2 - собираем все части брони морских пехотинцев(можете пропустить)
3 - идём на завод газировки Вим, узнаем секреты
4 - выполняем квест Очищение земли до конца
5 - возвращаемся к ДиМА выполняем квест Какой должна быть жизнь
6 - идём к Касуми и заканчиваем дополнение

А теперь более понятно..
После извлечения 3 или 4 части памяти по квесту "Лучше не вспоминать" есть несколько путей развития судьбы острова Фар-Харбор. Прерываем симуляцию и решаем как поступить далее:
1 - Либо отправляемся на поиски ключа запуска ракет. (маркер на карте)
2 - Либо узнаём код отключения конденсаторов. (маркер на карте)

Я выбрал первый вариант, квест активировался сразу после посещения нужной локации по маркеру на карте (Гранд Отель Харбор).
Выпоняем цепочку действий, и получаем трофей.

Достаточно 3 симуляции, 5-я симуляция нужна для получения брони морского пехотинца...