Трофей можно пропустить заврождавав с Институтом

Чтобы выбить трофей, продолжайте выполнять ветку квестов за "Подземку".

Если Дездемону невозможно предупредить про атаку Братства Стали (диалог с ней никак не активируется), значит была убита Глория в одном из побочных квестов, либо каким-то другим способом. Глория ключевой персонаж и умереть она должна в следующем сюжетном квесте "На грани войны". Жива Глория или нет, легко проверить, она всегда находится в штабе Подземки. Если Глория мертва, то необходимо загрузить ближайший сейв, где она ещё жива и пройти ветку с этого момента.

В этой миссии есть баг с невозможностью поговорить с Дездемоной => невозможно пройти миссию и получить трофей. Даже на последнем патче 1.08 до сих пор не исправили.

Имейте в виду, что этот трофей подразумевает прохождение нескольких миссий за Институт. А именно, начав "Под землёй и под прикрытием", и выполнив определённые действия по этой миссии, последует перерыв. Вам надо будет выполнять действия за Институт, чтобы продолжить.
Так что настраивайтесь на затяжное прохождение... "Битва за Бункер-Хилл", "Масс Фьюжн" и т.д.
То есть, не откладывайте этот квест по линии Подземки на потом. Выполняйте сразу.
Мне пришлось два раза перепроходить. Так как я сделал сейв и забил на Подземку. Взял все трофеи за Институт, а когда начал линию Подземки, меня ждал сюрприз...

Была загвоздка. В квесте указанно "Продолжайте сотрудничать с Отцом" После того как Отец Прикажет убить Дездемону, погуляйте по Институту. К вам подойдёт Синт и скажет явится к Z1. Квест будет продолжен.

Когда началось задание у последней черты у меня было задание продолжать работать с Отцом, но его задание убить всех в подземке. Надо просто ходить по институту (я пошел к патриоту) и подойдет синт и попросит поднятся в комнату