Королевское судно можно найти: на Причале Галдина, в Каэмском маяке и в Альтиссии.
Там будет специальный значок. Нужно поплавать на судне.

Если прошли по сюжету Альтиссию, но так и не плавали на судне, а после прохождения сюжета вернулись в прошлое добивать все остальное, то идите на причал Галдина, дальше парня, выдающего квесты с камнями. Появится кнопка вызова яхты, при этом на карте это никак не будет отмечено.