Если получилось пройти в бункер без тревоги, то трофей выпадет в конце миссии. Советую сделать сохранение перед миссией. Трофей пропускаемый.

Перед прохождением Обязательно сохраняемся
Миссия проходится по стелсу, самое главное не попасть в свет прожектора. Боты на шум никак не реагируют, даже если они бегут к вам. Тревога, а следовательно и перезапуск миссии, начнется после сообщения из громкоговорителя о закрытии ворот.
Видеогайд (en).

Парочка советов
1.Как только появитесь около базы не спешите бежать вперёд. Через входной проем можно убить из снайперки несколько врагов и наблюдателей на вышках. Это абсолютно безопасно и никто вас не заметит
2.Вы можете уничтожать прожектора просто выстрелив в них, но если уничтожить больше двух поднимется тревога
3.Даже если солдаты заметили как вы убиваете их сослуживцев и бегут к вам(или даже уже стреляют)
не спешите начинать сначала. Тревога будет поднята только когда голос в динамике объявит о проникновении и блокировке базы.Если этого не произошло можете смело продолжать.После проникновения тревога поднимается в любом случае, но это уже не важно,главное-не на поверхности.
4.Если хотите лезть через шахту то обязательно уничтожьте прожектор который всегда освещает вход в неё
5.Трофей дают в конце миссии. После успешного проникновения можете спокойно умирать во время миссии и начинать с контрольной точки, трофей все равно дадут
P.s Не советую пользоваться контрольной точкой в самом начале миссии. Когда я ее использовал у меня накрылся сейв.

Если по рации на базе заподозрят о проникновении - ничего страшного, можно выполнять дальше. Трофей запарывается если только по рации объявляется полная тревога и блокировка дверей.

Постоянно включалась тревога после такого как подходил к пульту управления дверью. Делал так. С самого начала вырубаем всех кого сможем не входя на территорию базы. Перед тем как подойти к пульту управления дверью обязательно прострелите Северный правый и Южный правый прожекторы, так как при подходе к пульту срабатывает триггер и Карла мгновенно обнаруживают. Далее подходите к пульту и пока прожекторы светят в другую сторону прибегаете к двери. Трофей выпадает после прохождения миссии

Все намного проще.
Убиваем снайперкой врагов в начале, стреляем в два прожектора дальних и идем себе спокойно не к точке подсвечиваемой, а прямо к дверям, и стреляем в люк (который нам показывают, если поднимается тревога) заходим внутрь и добиваем миссию, трофей в кармане, так как условия выполнены -тревоги не было.

В начале задания вам дадут снайперскую винтовку, с ее помощью перестрялйте всех врагов и спокойно проходите в бункер. Походу баг, враги на выстрелы вообще не реагируют, если мало ли стали стрелять в ответ, дайте им себя убить и загружайтесь с контрольной точки

После того, как всех убили и проникли СКРЫТНО в подземную лабораторию, достижение не дадут. Его дадут после завершения всей миссии.

После того, как вы проникните в подземную лабораторию, отключите зенитки. Вам будем проще улететь потом (трофей дают по завершении миссии)

На sx забаговался сейв, если перезапустить игру и захожить по автосейву , то запускаетсч миссия но прожекторы не крутятся , на изичах убиваем всех и проникаем вниз, а там уже пофиг на стелс