Задача заключается в том, чтобы пройти миссию ни разу не обнаружив себя и никого не убивая. Максимум можете вырубить противника.

Прохождение миссии "Ground Zeroes" с рангом "S"

Прохождение миссии "Deja-Vu" с рангом "S"

Прохождение миссии "Уничтожение точек ПВО" с рангом "S"

Прохождение миссии "Сбор разведданных" с рангом "S"

Прохождение миссии "Спасение разведчика" с рангом "S"

Прохождение миссии "Уничтожить предателей" с рангом "S"

Уже поздно пишу, но всё же.. Основная подсказка не до конца верна
Можно убивать, рестартиться и т.д., главное набрать нужное количество очков, основная масса набирается за время, выполнение доп. задач и спасение заложников. Если вы убили скажем 3-5 солдат, но миссию выполнили быстро и спасли заложников, то скорее всего вам дадут S ранк

Учитываются следующие факторы:
количество убийств (бонус за прохождение без убийств, штраф за каждое убийство)
количество тревог (бонус за прохождение без тревог, штраф за каждую тревогу)
время прохождения (бонус за прохождение быстрее расчётного времени, штраф за его превышение)
количество спасённых заключённых (бонус за каждого спасённого)
количество перезагрузок(бонус за прохождение без перезагрузок, штраф за каждую перезагрузку)
количество потерянных вертолётов (штраф за каждый вертолёт)
использование Reflex Mode (бонус за неиспользование)

и особые для каждого задания условия:
Ground Zeroes: Спасти сбежавшего заключённого
Eliminate the Renegade Threat: Эвакуировать обе цели
Classified Intel Acquisition: Получить настоящую кассету с данными
Destroy the Anti-Air Emplacements: Спасти агентов MSF
Déjà-Vu: Реконструировать сцены (бонус за каждую сцену)
Только вам выбирать, каким образом набирать очки. Можно быстро пролететь задание и получить огромный бонус за время, а можно спасать заключённых и этим с лихвой покрыть очки за потраченное время.