Единственные трофеи которые можно пропустить - это трофеи на быстрое прохождение, все остальное игра даст возможность выполнить и после завершения. В том числе сбор 100%, но для него, после всех до-сборов нужно будет еще раз пройти последний бой (например, мышью). Трофей откроется после титров, когда на экране будет написан ваш прогресс в процентах.

Вообще игру можно смело проходит "тяп-ляп", абсолютно не заботясь о трофеях, а после завершения спокойно добить все трофеи кроме двух за прохождение на время. За ними придется отправиться во второй раз либо самим (уверяю, что у вас получится) либо по видяшке указанной ниже примерно за 2 часа.