Для получения трофея необходимо именно вступить с "Вольные" сталкеры или "Бандиты", тогда появится и противостояние между группировками. Я сделал отдельный сейв и сделал сначала за Вольных сталкеров, потом загрузился и с Долгом штурмуем Тёмную долину. После чего снова загружусь и продолжу прохождение ни к кому не присоединяясь.
Конфликтует с трофеем: "Сам по себе".
Не конфликтует с трофеем: "Идеологический вопрос".