Учитываются все уровни на всех уровнях сложности.
Для начала, пройдите Сюжет на трёх уровнях сложности, все равно нужно получить трофеи за сложность.
Заходим в тренировку и смотрим на каком уровне у нас не ранг S и проходим.
Необязательно чтобы ранг S был только на одном уровне сложности.

Можно и на лёгком пробежать все 3 сценария, а потом добить на легком через тренировку те уровни где не S.

Прошёл несколько раз все уровни сложностей и столкнулся с проблемой, что в тренировке уровней 2 уровня заблокированы, на всех сложностях.
На каком бы уровне сложности ни были заблокированы эти два этапа, вам нужно пройти «Мать будущего» на этом же уровне сложности, и тогда они разблокируются.