Наноядра можно найти в специальных сундуках по 2 штуки в разных частях локаций. Ящики отрываются зарядом экзоскелета от 55 и выше. Нужны наноядра для прокачки оружия и снаряжения на максимальный 5 уровень (10 уровень в НГ+ и так далее). В каждом ящике лежит по 2 ядра, для прокачки оружия необходимо 3 наноядра и более 50 000 запчастей. Чтобы появилась возможность использовать наноядра оружие надо прокачать до 4 уровня.

Не уверен на счет первого прохождения, как-то не обратил внимания, но на НГ+ мне ядра падали в последней локации с бесформенных мобов-реликтов, они еще трансформируются в турель и призывают маленького реликта. Одно ядро с одного моба...

за одно прохождение собрать наноядер можно только на один сет брони и одно оружие. (трофеи лучше совместить на всякий случай)
так же в ДЛС парка развлечение еще есть пара шкафов с ядрами.