Дополнительно очки навыка можно получить выполняя контракты. Если в контракте нет очка навыка, выполните все чтобы появились новые. Рекомендую выполнять после сюжета.

Для тех у кого не хватило нескольких очков навыков, а все контракты уже выполнены. Приведу список активностей в игре за которые дают дополнительные очки навыков (это не только контракты, как пишут некоторые).
1. Выполнение сюжетных заданий.
2. Выполнение некоторых контрактов с доски объявлений (очков за контракты может не хватить!).
3. Завершение некоторых Багдадских историй.
4. Поиск потерянных книг.
Если вы не получили нужного числа очков навыков выполнив все контракты, то просто доделывайте до конца Багдатские истории и ищите потерянные книги.

Не хватало 1 очка опыта до максимума. Выполнил 6 контрактов и лишь 7-ой был с вознаграждение в виде опыта. Терпение кароче.

Количество контрактов ограничено, выбил до прохождения сюжета все.

За первое прохождение не хватило одного очка для разблокировки всех навыков. За выполнение Багдадской истории в Окрестностях Багдада «Проклятие демона-силы» получил недостающее очко для разблокировки.
Так же очко для разблокировки навыков можно получить за Багдадскую историю «Труд всей жизни» в Аббасии

Если получилось так что, после выхода бесплатного дополнения, у вас не хватает очков навыков после получения всех остальных трофеев, я бы не советовал заниматься контрактами, а сразу начать нг+ и добить остатки там (у меня после завершения всего, и всех контрактов тоже не хватило трех очков) не тратьте свое время.

Также очки можно быстро добить через НГ+

На данный момент есть два варианта получить трофей: либо идти в новую игру +, либо проходить фрагменты памяти анимуса. В последнем в качестве награды выдадут четыре очка опыта.
Мне, например, не хватало трёх очков до прокачки последнего умения - это с учётом выполнения всего и вся в игре. Добил через фрагменты.