Есть один босс который может не появится, это в третьей главе Apramana Bat. Как только в третьей главе вы сошли с черепахи, сразу идите в правую сторону к скелету змеи. Иначе если пойдете дальше по сюжету, босс не появится.

Трофей пропускаемый.
В первой главе надо убить монаха ( с большой головой ) в лесу прежде чем ударить в 3 колокола/победить монаха в прошлом, иначе он пропадет и не сможете получить душу.
Во второй главе когда будет битва отца с сыном ( крысы ) надо сначала убить отца ( маленькая крыса ) только потом сына, иначе душу не получите.

Текстовый гайд (ru).

31 персонаж в журнале выпадет при начале нг
32 персонаж в журнале откроется, когда будет полностью заполнен журнал во всех разделах

Добавлю немного: в скрытной локации 4 главы находятся два босса, один - финальный босс локации, второй - король скорпионов, спит на крыше, чтобы драка началась, нужно разбить ящик под ним. Так вот, если пойти на финального босса, то в бой вмешается король скорпионов и, как босс, пропадет. В журнал врагов будет внесен, но вот лут за него не получите. И не совсем понятно, для трофея нужно именно всех убить или просто заполнить журналы о всех имеющихся живностях в игре.

Список немного багуется при переходе на НГ+. Если были неоткрытые существа (в моем случае даос Ми), на НГ+ они полностью исчезнут из списка (не будет даже ????????).
Но при этом, они все равно заносятся в список и считаются в трофей при их открытии.
Возможно будет пофикшено со временем