Всего в игре 58 миссий Связи. Часть миссий Связи можно пропустить, если убить главаря бандитов в одном из первых заданий Ронина (сразу после знакомства с Чудаковатым самураем), ещё часть пропускается, если выступать против Сёгуна в Битве у запретных врат и в Киото. Если из-за вашего выбора доступ к некоторым заданиям будет закрыт, то всегда можно вернуться к предыдущим главам через меню и завершить пропущенные миссии или изменить прошлое.