В игре нет НГ+ и повторного прохождения глав, поэтому необходимо выполнить все с первого раза.
Главный пропускаемый трофей - на прокачку всего Coaching Is Overrated / Обучение — для лохов - нужно собрать все сферы прокачки оружия и персонажа. Можно посмотреть в этом гайде. При этом нужно так же завершить все испытания - за них дают сферы.
Если вы хотите быстрей завершить испытания, можете переигрывать боевые арены. Для этого просто умирайте и начинайте арену заново. Переигрывание с контрольной точки сбрасывает прогресс. Смерть - сохраняет. Переигрывание уровня так же сохраняет весь прогресс. Если вы поняли, что пропустили сферу на уровне, можете переиграть его, и все собранные сферы будут уже собраны.
По остальным трофеям (кроме испытаний), связанными с убийствами, все понятно по описанию. Главное - выполнить все до конца игры. Можно выполнять хоть на последнем уровне. Мой совет - не заморачивайтесь с испытаниями, а ближе к концу игры на какой-нибудь арене добейте оставшееся.
Проблемы могут быть с испытаниями: "бег по стене и убийство" и "доктор". По ним останавливается прогресс. Помогает выход в главное меню.

С последнем обновлением добавлена игра + так что можно не переживать и собрать остальные сферы .

С патчем 1.09 добавили выбор глав. Пропущенные орбы можно собрать за пару часов пробежав на легком нужные уровни.