Если видите нового противника, то после боя обязательно просканируйте. Самый последний новый противник будет в финальной миссии и он просканируется сам.

Видеогайд по всем врагам
(Тайм-код со списком в коментах, просто ищите недостающих)

Растение с зубами на Кашиике в лесу тоже нужно убить и просканировать! У меня именно с ним был промах, потом искал некоторое время не просканированных врагов

В патче 1.05 баг с респаумом баунти хантеров пофиксили, трофоей можно получить без особых проблем.

При прохождении пропустил по невнимательности сканирования охотника с булавой. При повторном прилете на Кашииик, так как там этот персонаж в первый раз встречается, ну ни в какую не хотел сканировать. Только при сохранении на ближайшей точке медитации, при перезагрузке игры, получилось.

Если прошли игру как я а трофей не выпал, зайдите в options и выберете руководство по тактике и увидите на каких планетах вы что-то пропустили и не просканировали, в моем случае это было хищное растение Jaw Plant - Челюстянка на Кашиике,а уже недостающее я смотрел по видео гайду что есть выше в подсказке, просто выбрал Кашиик по таймингам и нашел что я пропустил сравнивая с руководством по тактике, так же можно найти архивы Путешествие Кардовы если вдруг пропустили.

Хочу подметить, что последний тип врага Империи будет на финальной локации.

Трофей можно пропустить. Когда неожиданно наткнулся на мини-босса паука был без хп, поэтому попытался убежать, паук благополучно утонул в канаве рядом и под водой его просканировать было нельзя. Поэтому будьте осторожны если решите сбежать.

Обновление - ошибся, боссы сканируются автоматически и все же заносятся в базу даже если до них не добраться после смерти.

Охотники за головами не респавнятся в тех местах, где были уже убиты.
В моем случае я никак не мог найти - "Охотник за головами из сброда Гаксиона" (Haxion Brood Bounty Hunter). Нашел на Kashyyyk - Imperial Refinery.
Текстовый гайд (en) по поиску охотников.