Максимальный уровень репутации можно и сделать после сюжета. Просто выполняйте контракты для того или иного синдиката и репутацию повысить до Отлично.

Можно покупать данные вот у таких торговцев. Конкретно этот в порту Мироганы. Можно покупать данные у него и продавать торговцу пайков. Будут повышаться отношения с синдикатом. Не большой буст там, но это быстрее и проще чем выполнять целый контракт, если вам немного не хватает репы.