Начинаете: Механик - Ученый - Нефтяник, играете до тех пор пока не появится возможно сделать 4 Альтера, выделяете сохранение, отсюда будете начинать второе прохождение. Разветвление альтеров не затягивайте, при разговоре с альтерами всегда говорите им то, что они хотят услышать и всегда делаете так как они хотят, исследуйте локации и найдите сумки с вещами Яна.

Первое прохождение: Ботаник - Врач - Мозгоправ.
Обязательно разветвляете Табула Раса. Выбираете лечение имплантами, к тому времени должны быть получены все уроки и выполнены все просьбы (с Леной дать поговорить ботанику). В третьем акте нужно вернуть альтеров на базу до второй магнитной бури. Заканчиваете квесты всех альтеров (ученого нужно отпустить на встречу мечте, врачу нужно набить тату которое рекомендует мозгоправ)

Второе прохождение: Шахтер - Рабочий - Охранник. О альтерах Лене нельзя рассказывать. Ученый предложит сделать протез шахтеру, механик предложит отрастить, делаем как сказал механик. Перед выбором лечения выделяете сохранение, возможно пригодится. Выбираете лечение Максвелла. В третьем акте Механик на базу не вернется, но вернется нефтяник, он нам на прохождение не нужен, но делайте квест, если вам нужны лишние руки. Завершаете квесты второго прохождения. Если трофей за рабочего не выпал: грузите выбор лечения, выбираете путь имплантов, идете в третий акт, возвращаете альтеров на базу, отдаете значок рабочему - трофей.

Два прохождения только для концовки пути лечения, остальные концовки делаются в любом прохождении, исследования и крафт во время последних приготовлений.
Перед отправкой в следующий акт игра предупреждает по поводу невыполненных квестов, если что то пропустили, придется переигрывать, у меня была проблема только с рабочим, если затянуть его разветвление он может не выдать 5 дневный квест, так что лучше рабочему быть в команде уже в начале второго акта. 4 и 5 ковчег лучше делать в 3 акте, времени и ресурсов достаточно. Два очка исследования надо будет потратить на репульсор и большой склад (трофей за постройки).