Мало того, что учитываются применения умений союзниками, так и ещё Save/Load работает отлично. Создаёте Адепта, берёте с собой Тали и Гарруса, вкачиваете только нужные для получения ачивок таланты, используете их на панели экспресса цитадели (в том числе умения союзников), сохраняетесь и сразу загружаетесь с этого сохранения - кулдауны с талантов сбрасываются и не надо ждать их отката. Повторяете до победного.