Действие игры Dark Sector разворачивается на территории одного из государств Восточной Европы. Биологическое оружие, наследие холодной войны, вырвалось из-под контроля. Необычный вирус поглотил обитателей целого города. Территория заражения была отрезана от остального мира и получила название «Тёмный сектор». Жители подверглись мутации, превратившись в гротескных, разлагающихся чудовищ, и бродят по улицам в поисках горстки уцелевших. Они - носители вируса, не знающие жалости, жаждущие человеческой плоти хищники. А где-то в глубине города покоится секрет военных биологических разработок, ради которого могущественные организации и корпорации готовы рискнуть всем человечеством.
Главный герой игры, секретный агент Хайден Тенно, был ранен и инфицирован в ходе операции по раскрытию этой мрачной тайны. Впрочем, тело, покрытое пластинами органической брони, сверхчеловеческая сила и скорость, разрушительная мощь весьма пригодятся Хайдену на проспектах и улочках запретного и гибельного для людей Тёмного сектора. Теперь его основная задача - остаться в живых, а снова стать человеком - это уж как получится.