Модификации можно покупать в разных магазинах. Больше и чаще всего моды на оружие встречаются у робота-торговца в локации Gun Runners. Заходим к нему раз в недельку, у него моды часто обновляются. Сами моды ставятся в пип-бое. Наводишь курсор на нужное оружие и жмёшь . Откроется окно, показывающее есть ли у тебя в арсенале моды к этому оружию, какие установлены/не установлены.